第八十一幕　紅葵の策謀・海舟を狙う幕末の生霊！

行方不明になった逸子を探す薫たち。剣心は事の真偽を確かめるため、海舟の元へ向かう。逸子をさらった紅葵は、逸子の身柄と引き換えに、徳川慶喜が海舟に託した隠し金を要求しているのだった!!

脚本：面出明美　絵コンテ：渡辺純央　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第八十二幕　勝海舟の決意・時代を超えた真実

逸子を助けるため飛び出した大五郎は、懐に入れていた本が刀の切っ先を阻んだため、事なきを得た。剣心は紅葵の首領格・柴田を下し、黒幕・鉄馬の存在に気づく。海舟は鉄馬を諌めようとするが…。

脚本：面出明美　絵コンテ：寺東克己　演出：則座 誠　作画監督：中谷誠一

第八十三幕　由太郎帰国・影に潜む黒騎士団の野望

神谷道場に懐かしい客人が訪れた。それは伊豆で起こった「雷十太事件」の際に知り合った塚山由太郎だった。だが由太郎の腕を治してくれたハンス博士はドイツの秘密結社「黒騎士団」に襲われる。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：もりたけし<　演出：吉田俊司　作画監督：松島 晃

第八十四幕　真田忍群と霊薬・お頭御沙薙の狙い

負傷したハンス博士に、聖なる霊薬を守ってほしいと頼まれた由太郎は、手帳を手がかりに剣心たちと諏訪へと向かう。黒騎士団と密約を交わした「真田忍群」偵察部隊は、剣心たちを突如襲撃する!!

脚本：菅 良幸　絵コンテ：須永 司　演出：菱川直樹　作画監督：河南正昭

第八十五幕　迷走の旅・仕組まれた御神渡りの罠！

旅の途中に偶然出会った猟師から情報を聞き、竜神湖の畔へ向かった剣心たち。だがそれは、猟師の姿に化けた御沙薙の計略だった。湖底を走る回廊の先に隠し扉を見つけて、剣心たちは潜入する!!

脚本：菅 良幸　絵コンテ：古橋一浩･松本憲生　演出：横山広行

第八十六幕　地底を舞う赤い陽炎・殺鬼！真田三人衆

御沙薙の罠で奈落の底へ落ちた剣心たち。なんとか危機を脱した先で、深手を負った真田忍群の戒太に出会う。由太郎の治療で一命を取り留めた戒太とともに、剣心たちは再び霊薬の場所を目指す。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：もりたけし　演出：清水明　作画監督：小林利充

第八十七幕　シュナイダーの賭け・黒騎士団の崩壊！

御沙薙は黒騎士団を「霊薬」のありかに導くが、メルダースは御沙薙との約束を守るつもりはなかった。卑劣なメルダースにシュナイダーは叛旗を翻す。そこに登場した剣心が、メルダースと対決開始。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：寺東克己　演出：即座 誠　作画監督：佐藤和巳

第八十八幕　ふたつの道標・弥彦と由太郎永遠の約束

聖なる「霊薬」を悪用し、暴利を得ようとするメルダース中尉の野望を、剣心が打ち砕いた。持ち帰った「霊薬」によりハンス博士の命も救われ、事件は一件落着。由太郎と博士はドイツへ帰国する。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：須永　司　演出：吉田俊司　作画監督：中谷誠一

第八十九幕　まいえんじぇる操へ…京都からの迎え

神谷道場に長期滞在を続ける操を、憧れの蒼紫が迎えに来た。帰郷前に東京見物や土産物の購入をしようと、操は薫や恵達と連れ立って繁華街浅草へ。女性同士で、気の置けない楽しい時間を過ごす。

脚本：面出明美　絵コンテ：古橋一浩　演出：横山広行　作画監督：河南正昭

第九十幕　風水の奇襲！張り巡らされた五茫星の謎

府内各地で天変地異が頻発。佐伯優之進と名乗る怪しい実業家が石碑を建て、異変を鎮静化している…。赤べこも異変に見舞われるが、石碑の建立を断ったとたん、剣心達は謎の式神に襲われることに!!

脚本：十川誠志　絵コンテ：西村純二　演出：菱川直樹　作画監督：松島 晃