第三十一幕　届かぬ想い……剣心の旅立ち！

大久保から志々雄暗殺を依頼された剣心は、答えを出すため大久保の元へ向かう。しかし大久保は志々雄の刺客の手で暗殺されてしまう…。剣心は志々雄の謀略を断つべく、京都への旅立ちを決意する。

脚本：島田 満　絵コンテ：古橋一浩･松本憲生　演出：古橋一浩　作画監督：中嶋敦子

第三十二幕　涙を勇気に変えて！神谷 薫が選んだ道

剣心に別れを告げられ、ふさぎ込んでしまう薫。ただ哀しむばかりの薫を、恵は一喝する。叱咤により恵の切ない心中に気がついた薫は、自分の心と向き合い、弥彦とともに剣心を追う決心を固める。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：吉田俊司　演出：吉田俊司　作画監督：谷口守泰

第三十三幕　最強の称号を掴むまで！蒼紫の新たなる闘い

志々雄の側近・瀬田宗次郎は、四乃森蒼紫の力量を知るため、蒼紫の元に阿武隈四入道をしむける。阿武隈四入道を一蹴した蒼紫に宗次郎は、気が向いたら京都を訪れるように言い残し去って行く。

脚本：島田 満　絵コンテ：横田 和　演出：大町 繁　作画監督：松島 晃

第三十四幕　追いはぎ少女・巻町 操の隠された正体！

箱根の山中で追いはぎをしていた少女・巻町操と出会った剣心は、操が四乃森蒼紫の行方を捜していることを知る。一方、操は、剣心から蒼紫の情報を聞き出そうと、剣心に付きまとうのだが…。

脚本：島田 満　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：小林一幸

第三十五幕　奪われた村・襲いかかる志々雄の魔の手！

森の中で、三島栄一郎から弟・栄次を託された剣心と操は、栄次の両親を救うために新月村へ向かう。しかし村で剣心たちが目にしたのは、志々雄の部下・尖角に惨殺された栄次の両親の姿だった。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：工堂紘軌　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第三十六幕　幕末の時を超えて！対峙した志々雄と剣心

新月村で斉藤と合流した剣心は、瀬田宗次郎の出迎えを受け、ついに志々雄真実と対峙。しかし、謀略を止めるために志々雄に剣を抜いた剣心に、栄次の両親と栄一郎を惨殺した尖角が襲いかかる。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：榎本明広　演出：福多 潤　作画監督：榎本明広

第三十七幕　衝撃！折れた逆刃刀・天剣の宗次郎対剣心

剣心の｢龍翔閃｣を見た志々雄は、宗次郎にその場を預け、｢京都で待つ｣と言い残して去る。残った宗次郎と対峙する剣心。2人の刃が交錯したそのとき、なんと剣心の逆刃刀が折れてしまう…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：森田風太　演出：森田風太　作画監督：高橋和徳

第三十八幕　左之助、極意の修行！破戒僧・安慈

剣心を追い京都へ向かう途中の森で道に迷った左之助は、悠久山安慈という僧に出会う。岩をも砕く｢二重の極み｣という極意を使う安慈に、左之助は強くなりたい一心から、伝授を願いでるが…。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：横田 和　演出：大町 繁　作画監督：松島 晃

第三十九幕　逆刃刀を作った男・新井赤空 最後の一振り！

操とともに、無事に京都に到着した剣心は、新たなる逆刃刀を求め、折れた逆刃刀の作り主である新井赤空の息子・青空の元を訪ねる。しかし青空は、｢人を殺める刀はもう作らない｣と剣心に言い放つ。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：小林一幸

第四十幕　恐るべき無情の刺客！十本刀・張との死闘

新井赤空が最後に作ったという刀をねらう十本刀の一員・刀狩の張は、青空の息子・伊織を人質に取る。伊織を救うため、張と対峙した剣心は、刀が無いために、張の殺人奇剣に苦戦を強いられる。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：遡玉洩穂　演出：清水 明　作画監督：小林利充