第一幕　伝説の美剣士････愛ゆえに闘う男

神谷活心流の師範代を務める神谷薫は、活心流の名を騙る辻斬りを追っていた。辻斬りを見つけ、闘いを挑むものの 歯が立たない。そこに、自らを"流浪人"と名乗る剣客・緋村剣心が現れる。

脚本：島田 満　絵コンテ：古橋一浩
演出：古橋一浩　作画監督：小林一幸

第二幕　ガキ侍スッた！モンだ！で門下生

剣心と薫が町で出会った少年スリ・明神弥彦。彼が関東集英組からスリを強いられていることを知った薫は、関 東集英組に単身乗り込む。しかし、博打でだまされ、弥彦とともに窮地に追い込まれる！

脚本：島田 満　絵コンテ：大地丙太郎
演出：清水 明　作画監督：小林利充

第三幕　哀しみの剣士・過去を斬る男

弥彦は町の人々に乱暴を働く剣客警官隊と遭遇し、立ち向かうが捕えられてしまう。その場に居合わせた剣心は、 彼らを押さえ込む。その時、剣心と幕末維新を闘ったかつての同志・山県有朋が現れた。

脚本：島田 満　絵コンテ：大地丙太郎
演出：清水 明　作画監督：小林利充

第四幕　悪の一文字・ケンカ屋左之助登場！

弥彦は町の人々に乱暴を働く剣客警官隊と遭遇し、立ち向かうが捕えられてしまう。その場に居合わせた剣心は、 彼らを押さえ込む。その時、剣心と幕末維新を闘ったかつての同志・山県有朋が現れた。

脚本：島田 満　絵コンテ：大地丙太郎
演出：清水 明　作画監督：小林利充

第五幕　逆刃刀対斬馬刀・闘いの果てに！

剣心と左之助の闘いが始まった。剣心相手に苦戦する左之助の脳裏に浮かんだのは、赤報隊一番隊隊長・相楽総三。総三と同じ理想を目指し、今も闘い続ける剣心の姿に、左之助は心を揺さぶられる。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：斎藤浩信

第六幕　闇からの訪問者・黒笠現る！

政府要人を狙う暗殺事件が続発し、陸軍省幹部の護衛を依頼された剣心たち。暗殺者の正体は“黒笠”という異名を持つ鵜堂刃衛だった。刃衛は、剣心が“人斬り抜刀斎”だと知り、新たな標的に選ぶ。

脚本：島田 満　絵コンテ：野田作樹　演出：はしもとなおと　作画監督：小林一幸

第七幕　月下の死闘・愛する人を守れ！

剣心の怒りを誘うため、薫を連れ去った刃衛。剣心の“人斬り”の本性を呼び戻すべく、卑劣な手段で薫を苦しめる。薫を救うために“人斬り”に立ち戻った剣心は、刃衛にとどめを刺さんとするが…。

脚本：島田 満　絵コンテ：工堂紘軌　演出：吉田俊司　作画監督：谷口守泰

第八幕　新たなる戦い！飛び込んできた謎の美女

剣心と左之助は、青年実業家・武田観柳の私兵に追われる高荷恵という女性を助けた。その夜、隠密御庭番衆の火男と?見が、恵を奪還すべく神谷道場に現れる。弥彦は恵をかばい、負傷してしまう。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：遡玉洩穂　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第九幕　最強の忍び軍団・恐怖の御庭番衆！

恵の迅速な処置で弥彦は命を取り留めた。恵は会津藩の名医・高荷家の娘で、その知識を観柳に狙われていたのだ。自分のせいで剣心たちに迷惑がかかると判断した恵は、自ら観柳の元へ戻ってしまう。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：青木康浩

第十幕　蒼紫・美しすぎるほど恐い奴

恵を救出するため、観柳邸に乗り込んだ剣心たち。苦戦しながらも、剣心は御庭番衆の1人、般若を打ち破る。剣心と左之助が恵の元へと急ぐが、御庭番衆御頭・四乃森蒼紫が2人を待ち構えていた！

脚本：菅 良幸　絵コンテ：工堂紘軌　演出：鶴田 寛　作画監督：辻　初樹