第四十一幕　飛天御剣流の奥義！師匠 比古清十郎との再会

志々雄に対抗するため、飛天御剣流の奥義習得を決意した剣心は、かつての師匠・比古清十郎の庵を訪れ、伝授を乞う。しかし比古は奥義の伝授を拒否。そこへ、剣心を追ってきた薫と弥彦が現れる。

脚本：島田 満　絵コンテ：榎本明広　演出：福多 潤　作画監督：榎本明広

第四十二幕　同盟成立・蒼紫が志々雄と手を組んだ日！

蒼紫が志々雄と同盟を組んだことを知った翁(柏崎念至)は、御庭番衆・御頭としての誇りを失った蒼紫を、自らの手で葬ることを決意。忍装束と鋼の鉤棍を手に、蒼紫に一対一の勝負を挑むのだが…。

脚本：島田 満　絵コンテ：森田風太　演出：森田風太　作画監督：高橋和徳

第四十三幕　生と死の間で！奥義・天翔龍閃の会得

飛天御剣流・奥義の伝授を受ける剣心。しかし師匠・比古清十郎は剣心が｢欠けているもの｣に気がつかない限り、奥義会得ができないばかりか、比古の｢九頭龍閃｣で命を落とすことになると告げる。

脚本：島田 満　絵コンテ：遡玉洩穂　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第四十四幕　怒涛の決戦・最強集団十本刀集結！

斎藤一と会うため、京都の獄中にいた左之助は斉藤と再会。同じく捕らえられていた十本刀の一員・張から、志々雄の陰謀を聞く。一方、志々雄の元には、全国から精鋭部隊・十本刀が集結する。

脚本：島田 満　絵コンテ：横田 和　演出：大町 繁　作画監督：松島 晃

第四十五幕　翔ぶが如く！戦艦煉獄　出校を阻止せよ

張から聞いた志々雄の陰謀｢京都大火｣。その計画に疑問を持った剣心と斉藤は、｢京都大火｣の裏に志々雄の真のねらい｢東京への砲撃｣が隠されていると見抜き、阻止すべく左之助とともに大阪へと急ぐ。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：高倉一郎　演出：高倉一郎　作画監督：小林一幸

第四十六幕　煉獄炎上！志々雄真実の命運

大阪湾へ到着した剣心一行は、志々雄有する大型甲鉄艦｢煉獄｣の出航を命がけで阻止。怒りに燃える志々雄は、比叡山六連ねにあるアジトで闘いの決着をつけようと剣心に告げ、その場を去って行く。

脚本：島田 満　絵コンテ：森田風太･横田 和　演出：楠根 彰　作画監督：高橋和徳

第四十七幕　激突！二重の極み・唸る左之助の拳

志々雄のアジトに乗り込んだ剣心、左之助、斉藤の3人。最初に彼らを待っていたのは、左之助に｢二重の極み｣を伝授した悠久山安慈だった。左之助は、安慈の信念を確認するため決闘をかってでる。

脚本：島田 満　絵コンテ：横田 和　演出：大町 繁　作画監督：松島 晃

第四十八幕　救世への再生・安慈の新たなる出発

左之助の放った渾身の｢二重の極み｣が安慈を直撃。しかし、安慈が懐に入れていた位牌でその威力は削がれてしまう。位牌によって難を逃れた安慈は、悲痛な面持ちで破戒僧となった過去を語り始める。

脚本：島田 満　絵コンテ：工堂紘軌　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第四十九幕　心眼をとらえた狼・炸裂する牙突零式

安慈を下した剣心たちを次に待っていたのは、十本刀の中でも1、2の実力を持つ魚沼宇水。対することになった斉藤は、剣心たちを先へ進ませ、｢心眼｣の使い手である宇水と激しくぶつかり合う。

脚本：島田 満　絵コンテ：高倉一郎　演出：高倉一郎　作画監督：小林一幸

第五十幕　約束を果たす時・蒼紫と剣心の再戦！

先を急ぐ剣心が鋭い剣気を察知した部屋には、四乃森蒼紫が佇んでいた…。最強と謳われた“人斬り”の剣心と闘うため、すべてを捨ててきた蒼紫に対し、剣心は“緋村剣心”として闘うことを告げる。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：千明孝一　演出：千明孝一　作画監督：千葉道徳