第十一幕　さらば最強の男たち！光と闇の激突

蒼紫の小太刀から繰り出される必殺技「回転剣舞」が剣心を襲う。激しい闘いとなるが、蒼紫の一瞬の動きを見切った剣心が勝利。そこに突然、最新式の回転式機関砲を持ち出した観柳が現れた！

脚本：菅 良幸　絵コンテ：小林孝志　演出：小林孝志　作画監督：小林一幸

第十二幕　少年剣士誕生！一番弟子 弥彦の戦い

三条燕という少女と知り合った弥彦。彼女は、江戸時代より主従関係にある長岡幹雄に盗みの手引きを強要されていた。そのことを知った弥彦は、燕を救うため幹雄一派に1人で立ち向かう決心をする。

脚本：島田 満　絵コンテ：鹿島典夫　演出：吉田俊司　作画監督：谷口守泰

第十三幕　めざせ横綱！虎丸のどすこい奮闘記

剣心たちは、兄弟子・千両山にいじめられ自信を失った力士・虎丸と出会う。見かねた薫は虎丸を稽古することに。妨害に現れた千両山の仲間を一蹴した剣心は、虎丸と千両山のサシの勝負を提案する。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：開木菜織　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第十四幕　小さな命を救え！美人女医・恵の挑戦

雷光という男の罠にかかり、やぶ医者だと吹聴された恵。雷光は、人々から大金を巻き上げる偽の祈祷師だった。祈祷を受けるために絶対安静の娘を連れ出した夫婦を追い、恵たちは雷光邸に向かう。

脚本：岸間信明　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：青木康浩

第十五幕　炎の暗殺集団、神風隊走る！

暗殺集団“神風隊”を束ねる榊東馬は、兄弟子・佐々木平八郎を脅し、政府要人の暗殺を強要する。佐々木と同じ長屋に住む左之助はそれを知り、暗殺を阻止。次いで現れた剣心も東馬と剣を交える。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：榎本明広　演出：福多 潤　作画監督：榎本明広

第十六幕　勇気ある誓い！燃えよ秘剣・紫電の太刀

“神風隊”の黒幕から政府陸軍卿・山県有朋暗殺の命を受けた東馬。それを察知した剣心は、愚行をいさめるため、東馬を待ち構えていた。東馬は、必殺技「紫電連牙の太刀」で再び剣心に襲いかかる。

脚本：菅 良幸　絵コンテ：工堂紘軌　演出：鶴田 寛　作画監督：小林一幸

第十七幕　夢に向かって飛べ！砲弾娘マリモの冒険

見世物小屋の恵比寿砲術団を見物した剣心たち。弥彦は、チンピラに襲われていた看板娘のマリモと父親を助ける。父親が重傷を負い、一人になったマリモのために、弥彦は興行の手伝いをかってでる。

脚本：岸間信明　絵コンテ：吉田俊司　演出：吉田俊司　作画監督：谷口守泰

第十八幕　走れ！弥彦・逆刃刀を取り返せ！

比留間伍兵衛に挑発され、真剣での勝負を受けてしまった弥彦。剣心の逆刃刀を持ち出した弥彦は伍兵衛に捕えられてしまう。丸腰のまま伍兵衛に呼び出された剣心に逆刃刀を渡すべく、弥彦が走る！

脚本：岸間信明　絵コンテ：遡玉洩穂　演出：清水 明　作画監督：小林利充

第十九幕　雷十太の野望・禁じられた王国の幻想

伊豆を訪れた剣心一行は塚山由太郎という少年に出会う。剣客を夢見る由太郎は盗賊から助けてくれた石動雷十太に心酔し、自宅に住まわせていた。雷十太の目的は、伊豆で独立国を建てることだった。

脚本：島田 満　絵コンテ：横田 和　演出：渡辺健一郎　作画監督：松島 晃

第二十幕　真古流の復活！嵐を呼ぶ究極の殺人剣

海に落ちたところを剣心に救われた由太郎。薫から稽古を受けることになり、由太郎は剣術のすばらしさを知る。一方、雷十太の不穏な動きを察知した陸軍の特殊部隊は、塚山邸を包囲し始めていた。

脚本：島田 満　絵コンテ：高本宣弘　演出：高本宣弘　作画監督：小林一幸